Ekspert w zakresie zarządzania kryzysowego, ochrony infrastruktury krytycznej oraz odporności. W latach 2010-2021 pracował w Rządowym Centrum Bezpieczeństwa. Był m. in. szefem polskiej delegacji w Komitecie Planowania Cywilnego NATO oraz krajowym delegatem w grupie roboczej przygotowującej Dyrektywę Unii Europejskiej w sprawie odporności podmiotów krytycznych (CER).
Krzysztof Malesa jest absolwentem studiów bałtystycznych w Katedrze Językoznawstwa Ogólnego i Bałtystyki na Unwersitecie Warszawskim, na którym uzyskał też stopień doktora nauk humanistycznych w zakresie językoznawstwa. Jest tłumaczem przysięgłym języka litewskiego.
W zarządzie polskiego oddziału Microsoft pełni funkcję dyrektora ds. strategii bezpieczeństwa (National Security Officer).